マドレンの追記をメンテナンス中に発見したので貼っておきます。

ルーンがどのように機能して統計を％増加させるか：
％増加を適用する前に、真珠のアップグレードを含むオブジェクト/アイテムの合計統計値を確認します。ルーンを適用した後に真珠のアップグレードを追加すると、合計値が再び計算されるため、オブジェクト/アイテムはさらに真珠のアップグレードの恩恵を受けます。
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ルーン付けた後もパールでさらに磨けるということですかね＾＾

クリティカルヒットの意味もマドレンの説明をこちらから拾ってきました。